Желонкин работал президентом издательского дома с 2013 г., в 2016 г. занял пост генерального директора. В 2018 г. после выборов президента сменил Сергея Яковлева на посту главного редактора ИД «Коммерсантъ». 28 июня 2024 г. главным редактором газеты «Коммерсантъ» и шеф-редактором ИД был назначен Михаил Лукин. После этого собеседники «Ведомостей» заявляли, что Желонкин проработает гендиректором еще «около двух месяцев».