Гайнутдин впервые был избран муфтием в 1994 г. Тогда же он был избран председателем ДУМ Центрально-Европейского региона, впоследствии преобразованного в ДУМ Европейской части России в 1998 г. В 2014 г. ДУМ Европейской части России было переименовано в ДУМ Российской Федерации.