Минюст внес Пономарева в реестр СМИ – иностранных агентов в конце 2020 г. одновременно с четырьмя журналистами. По данным представителей Минюста, в августе 2020 г. Пономарев получил деньги из-за рубежа и публиковал в соцсетях и на информационных ресурсах свое мнение о ситуации с защитой прав человека в России. Правозащитник пытался оспорить свой статус. В августе 2022 г. жалобу Пономарева зарегистрировал Конституционный суд. Тогда старший юрист Института права и публичной политики Виталий Исаков уточнял «Ведомостям», что правозащитник оспаривает положения закона о СМИ, которые обязывают человека называть себя СМИ – иностранным агентом в любой своей публикации.