В 2002-2003 гг. был генеральным директором ООО «ВИРУ» в Заречном Свердловской области. В июне 2003 г. Уйба вернулся в ФУ «Медбиоэкстрем» на прежнюю должность, в декабре того же года возглавил ведомство. В ноябре 2004 г. управление было преобразовано в Федеральное медико-биологическое агентство. Уйба руководил агентством до января 2020 г., после чего занял пост замминистра здравоохранения России.