Гудков являлся депутатом Государственной думы третьего, четвертого, пятого и шестого созывов с 2001 по 2012 г., также занимал пост заместителя председателя комитета по безопасности и замруководителя фракции «Справедливая Россия» в нижней палате парламента. 14 сентября 2012 г. был лишен мандата в связи с нарушением статуса депутата Госдумы. Гудков обвинения отрицал и указывал на отсутствие прямых доказательств нарушений с его стороны. В 2013 г. был исключен из партии «Справедливая Россия».