В феврале 2024 г. Федеральная служба безопасности (ФСБ) сообщила, что Пономарев участвует в деятельности украинского военизированного объединения «Легион свобода России» (запрещенная в РФ террористическая организация). В ведомстве указали, что экс-депутат сам заявлял о своем участии в боевых действиях на стороне Киева, публично демонстрируя стрелковое оружие, военную форму и эмблемы «Легиона свобода России» во время выступлений на украинском телевидении. Кроме того, он призывал россиян совершить госизмену и вступить в ряды украинской армии. В ФСБ отмечали, что против экс-депутата возбуждены уголовные дела о госизмене, публичных призывах к террору и участии в террористической организации.