Наливайченко был председателем СБУ в 2006-2010 и 2014-2015 гг. В 2014 г. против него Следственным комитетом РФ было возбуждено уголовное дело по статьям об организации применения запрещенных средств и методов ведения войны, похищении человека, клевете и др.