ФСБ задержала ученого спустя полгода после ареста его начальника, Анатолия Губанова, – в апреле 2021 г. Следствие заявило, что Голубкин по указанию Губанова передал Нидерландам материалы, где содержалась государственная тайна. Речь шла о двух отчетах по проекту HEXAFLY-INT, которые ЦАГИ был обязан предоставить партнерам. Сторона защиты заявляла в суде об отсутствии состава преступления в действиях Голубкина: сведения, которые он передавал коллегам по международному проекту, не содержали гостайны.