Якушев с начала 1990-х гг. работал на разных должностях в Западно-Сибирском коммерческом банке. С 2001 по 2005 г. был вице-губернатором Тюменской области, когда регион возглавлял нынешний мэр Москвы Сергей Собянин. Затем недолго пробыл мэром Тюмени. После ухода Собянина на пост руководителя администрации президента Якушев возглавил Тюменскую область, затем Якушев стал министром строительства и ЖКХ в правительстве Медведева. 9 ноября 2020 г. был назначен полпредом президента в УрФО.