За соблюдением законодательства в сфере валютного контроля, а также противодействия отмыванию денег и финансированию терроризма будет следить центральный аппарат службы. Другой центр, расположенный в Ярославле, будет осуществлять надзор над некредитными финансовыми организациями (НФО) в Центральном федеральном округе. Еще один центр в Нижнем Новгороде возьмет на себя контроль за всеми НФО вне зависимости от их расположения.